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DNA barcode shows discordant cases among morphological and molecular species identification in Isbrueckerichthys (Siluriformes: Loricariidae)
Abstract Isbrueckerichthys is a genus of armored catfish (Siluriformes: Loricariidae) with five species in the lowlands from the Ribeira de Iguape basin and in the uplands of the Tibagi River basin. Despite the validation of the morphological species, molecular data to investigate gene flow and spec...
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Published in: | Neotropical Ichthyology 2024-01, Vol.22 (3) |
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creator | Almeida, Rafael B. de Azambuja, Matheus Nogaroto, Viviane Oliveira, Claudio Roxo, Fábio F. Zawadzki, Cláudio H. Vicari, Marcelo R. |
description | Abstract Isbrueckerichthys is a genus of armored catfish (Siluriformes: Loricariidae) with five species in the lowlands from the Ribeira de Iguape basin and in the uplands of the Tibagi River basin. Despite the validation of the morphological species, molecular data to investigate gene flow and species delimitation have not been completed for all species. For this purpose, we compared sequences of COI region associated with barcoding molecular identification, aiming for a species delimitation analysis and generating population data of I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola, and I. calvus. The K2P genetic distance, molecular species delimitation analysis, and well-sustained branches in the phylogenetic tree validate I. alipionis, I. epakmos, and I. duseni, and suggest I. cf. duseni as a valid molecular operational taxonomic unit. However, no differences were detected between I. saxicola and I. calvus. The discordance between molecular and morphological species may be due to the recent dispersal of some Isbrueckerichthys representatives at the border between the Ribeira de Iguape and Tibagi basins. The isolation features of the mountainous region of Ribeira de Iguape basin and headwaters captures to uplands are presented to explain the dispersion and the cases of incipient speciation in Isbrueckerichthys lineages.
Resumo Isbrueckerichthys é um gênero de cascudinhos (Siluriformes: Loricariidae) que reúne cinco espécies morfológicas nas terras baixas da bacia do Ribeira de Iguape e nas terras altas da bacia do rio Tibagi. Apesar da validação das espécies morfológicas, estudos moleculares não tinham sido realizados para investigar o fluxo gênico e delimitação molecular das espécies. Para tanto, comparamos sequências da região COI associadas à identificação molecular por código de barras visando uma análise de delimitação de espécies e dados populacionais entre I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola e I. calvus. Os dados de distância genética K2P, a análise de delimitação molecular de espécies e ramos bem sustentados na árvore filogenética validam I. alipionis, I. epakmos e I. duseni, e sugere I. cf. duseni como unidade taxonômica operacional molecular. Ainda, não foram observadas diferenças entre I. saxicola e I. calvus. A discordância entre espécies moleculares e morfológicas pode ser devida à recente dispersão e diversificação de alguns representantes de Isbrueckerichthys na fronteira das bacias de Ribeira de |
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Resumo Isbrueckerichthys é um gênero de cascudinhos (Siluriformes: Loricariidae) que reúne cinco espécies morfológicas nas terras baixas da bacia do Ribeira de Iguape e nas terras altas da bacia do rio Tibagi. Apesar da validação das espécies morfológicas, estudos moleculares não tinham sido realizados para investigar o fluxo gênico e delimitação molecular das espécies. Para tanto, comparamos sequências da região COI associadas à identificação molecular por código de barras visando uma análise de delimitação de espécies e dados populacionais entre I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola e I. calvus. Os dados de distância genética K2P, a análise de delimitação molecular de espécies e ramos bem sustentados na árvore filogenética validam I. alipionis, I. epakmos e I. duseni, e sugere I. cf. duseni como unidade taxonômica operacional molecular. Ainda, não foram observadas diferenças entre I. saxicola e I. calvus. A discordância entre espécies moleculares e morfológicas pode ser devida à recente dispersão e diversificação de alguns representantes de Isbrueckerichthys na fronteira das bacias de Ribeira de Iguape e Tibagi. Características de isolamento da região serrana da bacia do Ribeira de Iguape e eventos de capturas de cabeceiras para terras altas foram utilizadas para explicar a dispersão e os casos de especiação incipiente em algumas linhagens de Isbrueckerichthys.</description><identifier>ISSN: 1679-6225</identifier><identifier>ISSN: 1982-0224</identifier><identifier>EISSN: 1982-0224</identifier><identifier>DOI: 10.1590/1982-0224-2024-0040</identifier><language>eng ; por</language><publisher>Sociedade Brasileira de Ictiologia</publisher><subject>Incipient speciation ; Integrative taxonomy ; Molecular operational taxonomic units ; Molecular species delimitation ; Systematics ; ZOOLOGY</subject><ispartof>Neotropical Ichthyology, 2024-01, Vol.22 (3)</ispartof><rights>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.</rights><oa>free_for_read</oa><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed><cites>FETCH-LOGICAL-c279t-4485b660bb06c701a44aeaec7e16bc6940fd45f87bd123a78532a1999de228613</cites><orcidid>0000-0002-3982-4934 ; 0000-0002-0796-6778 ; 0000-0001-5757-9648 ; 0000-0002-5642-4908 ; 0000-0003-3913-9889 ; 0000-0002-7010-8880 ; 0000-0002-7096-9576</orcidid></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Tsyndetics_thumb_exl</thumbnail><link.rule.ids>230,314,776,780,881,24130,27903,27904</link.rule.ids></links><search><creatorcontrib>Almeida, Rafael B. de</creatorcontrib><creatorcontrib>Azambuja, Matheus</creatorcontrib><creatorcontrib>Nogaroto, Viviane</creatorcontrib><creatorcontrib>Oliveira, Claudio</creatorcontrib><creatorcontrib>Roxo, Fábio F.</creatorcontrib><creatorcontrib>Zawadzki, Cláudio H.</creatorcontrib><creatorcontrib>Vicari, Marcelo R.</creatorcontrib><title>DNA barcode shows discordant cases among morphological and molecular species identification in Isbrueckerichthys (Siluriformes: Loricariidae)</title><title>Neotropical Ichthyology</title><addtitle>Neotrop. ichthyol</addtitle><description>Abstract Isbrueckerichthys is a genus of armored catfish (Siluriformes: Loricariidae) with five species in the lowlands from the Ribeira de Iguape basin and in the uplands of the Tibagi River basin. Despite the validation of the morphological species, molecular data to investigate gene flow and species delimitation have not been completed for all species. For this purpose, we compared sequences of COI region associated with barcoding molecular identification, aiming for a species delimitation analysis and generating population data of I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola, and I. calvus. The K2P genetic distance, molecular species delimitation analysis, and well-sustained branches in the phylogenetic tree validate I. alipionis, I. epakmos, and I. duseni, and suggest I. cf. duseni as a valid molecular operational taxonomic unit. However, no differences were detected between I. saxicola and I. calvus. The discordance between molecular and morphological species may be due to the recent dispersal of some Isbrueckerichthys representatives at the border between the Ribeira de Iguape and Tibagi basins. The isolation features of the mountainous region of Ribeira de Iguape basin and headwaters captures to uplands are presented to explain the dispersion and the cases of incipient speciation in Isbrueckerichthys lineages.
Resumo Isbrueckerichthys é um gênero de cascudinhos (Siluriformes: Loricariidae) que reúne cinco espécies morfológicas nas terras baixas da bacia do Ribeira de Iguape e nas terras altas da bacia do rio Tibagi. Apesar da validação das espécies morfológicas, estudos moleculares não tinham sido realizados para investigar o fluxo gênico e delimitação molecular das espécies. Para tanto, comparamos sequências da região COI associadas à identificação molecular por código de barras visando uma análise de delimitação de espécies e dados populacionais entre I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola e I. calvus. Os dados de distância genética K2P, a análise de delimitação molecular de espécies e ramos bem sustentados na árvore filogenética validam I. alipionis, I. epakmos e I. duseni, e sugere I. cf. duseni como unidade taxonômica operacional molecular. Ainda, não foram observadas diferenças entre I. saxicola e I. calvus. A discordância entre espécies moleculares e morfológicas pode ser devida à recente dispersão e diversificação de alguns representantes de Isbrueckerichthys na fronteira das bacias de Ribeira de Iguape e Tibagi. Características de isolamento da região serrana da bacia do Ribeira de Iguape e eventos de capturas de cabeceiras para terras altas foram utilizadas para explicar a dispersão e os casos de especiação incipiente em algumas linhagens de Isbrueckerichthys.</description><subject>Incipient speciation</subject><subject>Integrative taxonomy</subject><subject>Molecular operational taxonomic units</subject><subject>Molecular species delimitation</subject><subject>Systematics</subject><subject>ZOOLOGY</subject><issn>1679-6225</issn><issn>1982-0224</issn><issn>1982-0224</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2024</creationdate><recordtype>article</recordtype><sourceid>DOA</sourceid><recordid>eNo9kc9uEzEQxleoSLSFJ-DiY3vYMvZ67XVvVVsgUgSHwtka_9nEYbOO7I1QHoJ3xiaoF9v6PPPN6Ps1zUcKd7RX8ImqgbXAGG8ZlAOAw5vm8lW9KG8hVSsY6981VznvAHopgV02f56-PRCDyUbnSd7G35m4kG1MDueFWMw-E9zHeUP2MR22cYqbYHEiOLuiTN4eJ0wkH7wNpTI4Py9hLBVLiDMJM1llk47e_vIp2O2yPWVy8xKmYwpjTHuf78k6lh9MITj0t--btyNO2X_4f183Pz8__3j82q6_f1k9Pqxby6RaWs6H3ggBxoCwEihyjh69lZ4KY4XiMDrej4M0jrIO5dB3DKlSynnGBkG762Z19nURd_qQwh7TSUcM-p8Q00ZjWoKdvIZOctqj86Mc-aCEcgqMNdQqbnnxLV53Z69cIpii3sVjmsvy-qVmrmvmFQoAdACM1uHducGmmHPy4-sCFHTFqSs4XcHp2qkrzu4vKduSdg</recordid><startdate>20240101</startdate><enddate>20240101</enddate><creator>Almeida, Rafael B. de</creator><creator>Azambuja, Matheus</creator><creator>Nogaroto, Viviane</creator><creator>Oliveira, Claudio</creator><creator>Roxo, Fábio F.</creator><creator>Zawadzki, Cláudio H.</creator><creator>Vicari, Marcelo R.</creator><general>Sociedade Brasileira de Ictiologia</general><scope>AAYXX</scope><scope>CITATION</scope><scope>GPN</scope><scope>DOA</scope><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-3982-4934</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-0796-6778</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0001-5757-9648</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-5642-4908</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0003-3913-9889</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-7010-8880</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-7096-9576</orcidid></search><sort><creationdate>20240101</creationdate><title>DNA barcode shows discordant cases among morphological and molecular species identification in Isbrueckerichthys (Siluriformes: Loricariidae)</title><author>Almeida, Rafael B. de ; Azambuja, Matheus ; Nogaroto, Viviane ; Oliveira, Claudio ; Roxo, Fábio F. ; Zawadzki, Cláudio H. ; Vicari, Marcelo R.</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-LOGICAL-c279t-4485b660bb06c701a44aeaec7e16bc6940fd45f87bd123a78532a1999de228613</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>eng ; por</language><creationdate>2024</creationdate><topic>Incipient speciation</topic><topic>Integrative taxonomy</topic><topic>Molecular operational taxonomic units</topic><topic>Molecular species delimitation</topic><topic>Systematics</topic><topic>ZOOLOGY</topic><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>Almeida, Rafael B. de</creatorcontrib><creatorcontrib>Azambuja, Matheus</creatorcontrib><creatorcontrib>Nogaroto, Viviane</creatorcontrib><creatorcontrib>Oliveira, Claudio</creatorcontrib><creatorcontrib>Roxo, Fábio F.</creatorcontrib><creatorcontrib>Zawadzki, Cláudio H.</creatorcontrib><creatorcontrib>Vicari, Marcelo R.</creatorcontrib><collection>CrossRef</collection><collection>SciELO</collection><collection>DOAJ Directory of Open Access Journals</collection><jtitle>Neotropical Ichthyology</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext</fulltext></delivery><addata><au>Almeida, Rafael B. de</au><au>Azambuja, Matheus</au><au>Nogaroto, Viviane</au><au>Oliveira, Claudio</au><au>Roxo, Fábio F.</au><au>Zawadzki, Cláudio H.</au><au>Vicari, Marcelo R.</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>DNA barcode shows discordant cases among morphological and molecular species identification in Isbrueckerichthys (Siluriformes: Loricariidae)</atitle><jtitle>Neotropical Ichthyology</jtitle><addtitle>Neotrop. ichthyol</addtitle><date>2024-01-01</date><risdate>2024</risdate><volume>22</volume><issue>3</issue><issn>1679-6225</issn><issn>1982-0224</issn><eissn>1982-0224</eissn><abstract>Abstract Isbrueckerichthys is a genus of armored catfish (Siluriformes: Loricariidae) with five species in the lowlands from the Ribeira de Iguape basin and in the uplands of the Tibagi River basin. Despite the validation of the morphological species, molecular data to investigate gene flow and species delimitation have not been completed for all species. For this purpose, we compared sequences of COI region associated with barcoding molecular identification, aiming for a species delimitation analysis and generating population data of I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola, and I. calvus. The K2P genetic distance, molecular species delimitation analysis, and well-sustained branches in the phylogenetic tree validate I. alipionis, I. epakmos, and I. duseni, and suggest I. cf. duseni as a valid molecular operational taxonomic unit. However, no differences were detected between I. saxicola and I. calvus. The discordance between molecular and morphological species may be due to the recent dispersal of some Isbrueckerichthys representatives at the border between the Ribeira de Iguape and Tibagi basins. The isolation features of the mountainous region of Ribeira de Iguape basin and headwaters captures to uplands are presented to explain the dispersion and the cases of incipient speciation in Isbrueckerichthys lineages.
Resumo Isbrueckerichthys é um gênero de cascudinhos (Siluriformes: Loricariidae) que reúne cinco espécies morfológicas nas terras baixas da bacia do Ribeira de Iguape e nas terras altas da bacia do rio Tibagi. Apesar da validação das espécies morfológicas, estudos moleculares não tinham sido realizados para investigar o fluxo gênico e delimitação molecular das espécies. Para tanto, comparamos sequências da região COI associadas à identificação molecular por código de barras visando uma análise de delimitação de espécies e dados populacionais entre I. alipionis, I. epakmos, I. duseni, I. cf. duseni, I. saxicola e I. calvus. Os dados de distância genética K2P, a análise de delimitação molecular de espécies e ramos bem sustentados na árvore filogenética validam I. alipionis, I. epakmos e I. duseni, e sugere I. cf. duseni como unidade taxonômica operacional molecular. Ainda, não foram observadas diferenças entre I. saxicola e I. calvus. A discordância entre espécies moleculares e morfológicas pode ser devida à recente dispersão e diversificação de alguns representantes de Isbrueckerichthys na fronteira das bacias de Ribeira de Iguape e Tibagi. Características de isolamento da região serrana da bacia do Ribeira de Iguape e eventos de capturas de cabeceiras para terras altas foram utilizadas para explicar a dispersão e os casos de especiação incipiente em algumas linhagens de Isbrueckerichthys.</abstract><pub>Sociedade Brasileira de Ictiologia</pub><doi>10.1590/1982-0224-2024-0040</doi><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-3982-4934</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-0796-6778</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0001-5757-9648</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-5642-4908</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0003-3913-9889</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-7010-8880</orcidid><orcidid>https://orcid.org/0000-0002-7096-9576</orcidid><oa>free_for_read</oa></addata></record> |
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