La cartographie de locus de caractere quantitatif dans des populations en segregation a l' aide du maximum de vraisemblance residuelle. 1. Methodologie

• Published in: Genetics selection evolution (Paris) 1996, Vol.28
• Main Authors: Grignola F.E, Hoeschele I, Tier B
• Format: Article
• Language: English
• Subjects: animal; animales; animals; carte genetique; covariance genetique; covarianza genetica; genetic covariance; genetic maps; loci; locus; mapas geneticos; modele; modelos
• ISSN: 0999-193X; 1297-9686

Une methode de maximum de vraisemblance residuelle, appuyee sur un algorithme sans derivation, a ete etablie pour estimer la position et la part de variance d' un locus de caractere quantitatif (QTL) et simultanement les variances polygeniques additives et residuelles. La methode est basee sur un modele mixte lineaire incluant des effets polygeniques et de QTL, supposes a priori suivre une distribution normale. La methode a ete etablie en vue de plans experimentaux de cartographie de QTL chez les animaux, ou des donnees phenotypiques et de marquage sont disponibles sur la generation des descendants, et des marquages connus chez les parents et des ancetres supplementaires. La matrice des coefficients des equations du modele mixte, requise dans l' algorithme sans deviation, a ete deduite d' un modele animal reduit qui relie les performances individuelles des descendants aux effets polygeniques ou de QTL parentaux. La matrice de variance - covariance des effets de QTL et son inverse ont ete calculees conditionnellement a l' information incomplete relative a des ensembles de marqueurs lies. L' inverse est calculee efficacement pour des dispositifs ou chaque descendant a une mere differente et les peres ont de nombreux descendants genotypes permettant de determiner la phase des marqueurs lies avec un haut degre de certitude. Il n' est pas necessaire de connaitre la phase des marqueurs lies chez les ancetres des peres. Le test de la position d' un marqueur au sein d' un groupe de liaison est base sur le rapport de la vraisemblance correspondant a la variance QTL estimee, relative a une variance QTL nulle.