Absolute quantification of viruses by TaqMan real-time RT-PCR in grapevines/Quantificacao absoluta de virus por RT-PCR em tempo real em videiras

• Published in: Ciência rural 2017-06, Vol.47 (6)
• Main Authors: Fajardo, Thor Vinicius Ma, Vanni, Marcos Fernando, Nickel, Osmar
• Format: Article
• Language: Spanish
• ISSN: 0103-8478
• DOI: 10.1590/0103-8478cr20161063

The absolute quantification determines the absolute amount of a targeted nucleic acid expressed as a copy number or concentration. The knowledge of virus concentrations in commercial crops possesses high relevance to ensure a reliable diagnosis. The objective of this study was to perform an absolute quantification of five viruses in infected grapevines (Vitis spp.). Different known amounts of the standard sample (cloned viral cDNA or in vitro transcribed viral RNA) were quantified by TaqMan RT-qPCR. Based on these data, standard curves were generated plotting Ct values (threshold cycle) against the log of the standard sample amount. Infected grapevine samples were evaluated to determine virus titers, which were highly variable. This result may contribute to improve virus diagnosis by accurately quantifying virus titre variations in grapevines. Key words: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 and -4. A quantificacao absoluta determina a quantidade absoluta de um acido nucleico alvo expressa como numero de copias ou concentracao. O conhecimento das concentracoes virais em culturas comerciais tem grande relevancia para assegurar um diagnostico confiavel. O objetivo deste trabalho foi realizar uma quantificacao absoluta de cinco virus em videiras infectadas (Vitis spp.). Diferentes quantidades conhecidas da amostra padrao (cDNA viral clonado ou RNA viral transcrito in vitro) foram quantificadas por RT-qPCR TaqMan. A partir destes dados, curvas padrao foram geradas plotando-se os valores de Ct (ciclo limiar) contra o log da quantidade da amostra padrao. Amostras de videiras infectadas foram avaliadas visando-se determinar os titulos virais que foram bastante variaveis. Este resultado contribui para melhorar o diagnostico viral ao quantificar com precisao variacoes no titulo viral em videiras. Palavras-chave: RT-qPCR, GRSPaV, GVA, GVD, GLRaV-3 e-4.