Mapping QTL in outbred populations using selected samples

Une simulation a ete realisee de maniere a analyser l'influence de la selection familiale et du typage selectif dans les familles selectionnees, sur la qualite d'estimation des parametres genetiques dans une population non consanguine ayant une structure de demi-freres. Les genotypes marqu...

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Published in:Genetics selection evolution (Paris) 1998-09, Vol.30 (5), p.453-468
Main Authors: Martinez, M. (Iowa State University, Ames (Etats Unis). Department of Animal Science), Vukasinovic, N, Freeman, A.E, Fernando, R.L
Format: Article
Language:eng ; fre
Subjects:
Animal genetics
DESCENDANCE
FAMILIA
FAMILIES
FAMILLE
GENETICA CUANTITATIVA
Genetics
GENETIQUE QUANTITATIVE
Life Sciences
MATHEMATICAL MODELS
MODELE DE SIMULATION
MODELE MATHEMATIQUE
MODELOS DE SIMULACION
MODELOS MATEMATICOS
PROGENIE
PROGENY
QUANTITATIVE GENETICS
SELECCION
SELECTION
SIMULATION MODELS
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Summary:Une simulation a ete realisee de maniere a analyser l'influence de la selection familiale et du typage selectif dans les familles selectionnees, sur la qualite d'estimation des parametres genetiques dans une population non consanguine ayant une structure de demi-freres. Les genotypes marqueurs ont ete determines uniquement pour les peres dont la descendance s'est situce aux extremites haute ou basse de la distribution phenotypique pour le caractere etudie. La descendance des peres selectionnes a ete genotypee. A l'interieur des familles selectionnees, trois schemas differents d'echantillonnage ont ete consideres: (i) aux extremites de la distribution, (ii) au hasard (iii), echantillonnage exhaustif. Les donnees de controle etaient constituees de la descendance triee au hasard de peres tries au hasard. Une procedure de detection de QTL par intervalle basee sur l'approche du modele aleatoire a ete appliquee aux donnees simulees. La position du QTL et la valeur des composantes de variance ont ete estimees en utilisant une technique de maximum de vraisemblance. Par rapport aux donnees de controle, le typage selectif des peres a augmente la puissance de detection des QTLs mais a entraine des estimees de composantes de variance severement biaisees, particulierement quand la descendance extreme des peres selectionnes a ete echantillonnee. L'inclusion des donnees phenotypiques de tous les individus et non seulement ceux types pour les marqueurs ameliore la qualite d'estimation des parametres QTL sans perte de puissance de detection de QTL
ISSN:0999-193X
1297-9686