Performance of real-time PCR and immunofluorescence for the detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus and Ralstonia solanacearum in potato tubers in routine testing

• Published in: Bulletin OEPP 2016-04, Vol.46 (1), p.112-121
• Main Authors: Vreeburg, R. A. M., Bergsma-Vlami, M., Bollema, R. M., de Haan, E. G., Kooman-Gersmann, M., Smits-Mastebroek, L., Tameling, W. I. L., Tjou-Tam-Sin, N. N. A., van de Vossenberg, B. T. L. H., Janse, J. D.
• Format: Article
• Language: English
• Subjects: Clavibacter michiganensis; Ralstonia solanacearum; Solanum tuberosum
• ISSN: 0250-8052; 1365-2338
• DOI: 10.1111/epp.12278

This paper describes a comparison study of test methods and supports the use of real‐time polymerase chain reaction (PCR) for the detection of Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus and Ralstonia solanacearum in potato tubers in routine testing. These 2 bacteria are quarantine organisms under European Union (EU) regulatory control and testing for (latent) infections of these bacteria in seed potatoes is mandatory. Real‐time PCR tests were performed on 276 routine potato tuber samples, including samples infected with either C. michiganensis subsp. sepedonicus or R. solanacearum, and the performance of these real‐time PCR tests was compared with that of immunofluorescence (IF). Real‐time PCR tests, using different primer sets and extraction and PCR protocols, proved to be sensitive and specific for the detection of C. michiganensis subsp. sepedonicus and R. solanacearum in potato tubers in routine testing, and performed at least as well as IF. Real‐time PCR is a good addition to the detection protocols as laid down in EU regulations (EU Council Directives 2006/56/EC and 2006/63/EC). Performance de la PCR en temps réel et de l'IF, pour la détection de Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus et Ralstonia solanacearum dans les tubercules de pomme de terre en tests de routine Cet article décrit une étude comparative de méthodes d'analyse et recommande l'utilisation de la PCR temps réel pour la détection de Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus et de Ralstonia solanacearum dans les tubercules de pomme de terre dans les tests de routine. Ces 2 bactéries sont des organismes de quarantaine soumis à lutte officielle dans l’UE et des tests pour la détection d'infections (latentes) de ces bactéries dans les pommes de terre de semence sont obligatoires. Des tests PCR temps réel ont été effectués sur 276 échantillons de routine de tubercules de pomme de terre comprenant des échantillons infectés, soit avec C. michiganensis subsp. sepedonicus soit avec R. solanacearum, et la performance de ces tests de PCR en temps réel a été comparée avec celle de l‘immunofluorescence (IF). Des tests PCR temps réel, utilisant différents jeux d'amorces et différentes méthodes d'extraction et de protocole de PCR se sont avérés être sensibles et spécifiques pour la détection de C. michiganensis subsp. sepedonicus et R. solanacearum dans les tubercules de pomme de terre dans les tests de routine, et se sont révélés au moins aussi performants que l’IF. La PCR temps réel est