Aplicación del modelo de pérdida de ADN para el diseño de cebadores en Potamotrygon magdalenae (Potamotrygonidae)

El diseño de cebadores es fundamental para amplificar regiones de genes debido a que la especificidad que mantienen cebador-secuencia de interés puede causar el éxito o fracaso en la reacción de PCR. En relación a Potamotrygon magdalenae (especie de interés de acuerdo al PAN Tiburones-Colombia), exi...

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Published in:Acta biológica colombiana 2022-01, Vol.27 (1), p.COV5-103
Main Authors: Ardila, Iván Yesid López, Pérez, Francisco José Martínez, González, Fernando Rodón
Format: Article
Language:Spanish
Subjects:
Amplification
Biogeography
BIOLOGY
Cytochrome
Cytochrome b
Cytochrome-c oxidase
Cytochromes
Deoxyribonucleic acid
DNA
Fines & penalties
Gene sequencing
Genes
Genetics
Nucleotide sequence
Paraclinus magdalenae
Phylogeny
Polymerase chain reaction
Population genetics
Population studies
Potamotrygon magdalenae
Potamotrygonidae
Primers
Rivers
Swamps
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Description
Summary:El diseño de cebadores es fundamental para amplificar regiones de genes debido a que la especificidad que mantienen cebador-secuencia de interés puede causar el éxito o fracaso en la reacción de PCR. En relación a Potamotrygon magdalenae (especie de interés de acuerdo al PAN Tiburones-Colombia), existe poca información disponible de aspectos relacionados con la genética poblacional de esta Raya. El objetivo del presente trabajo consistió en diseñar cebadores bajo los criterios del Modelo de Pérdida de ADN (DNA-LM), que permitan evaluar el estado genético de las poblaciones de P. magdalenae. Alineamos secuencias de la superfamilia Dayastoidea, disponibles en el NCBI, de los genes mitocondriales Citocromo C Oxidasa 1 (MT-CO1) y Citocromo b (MT-CYB). Se guimos los parámetros Gap open penalty (5), Gap extension penalti (0,2) y Terminal gap penalties (0,1) y seleccionamos dos pares de cebadores de acuerdo con el DNA-LM. Estimamos el producto amplificado del gen MT-CO1 en 916 pb y del gen MT-CYB en 774 pb, en muestras de P. magdalenae procedentes de diferentes ciénagas del Magdalena medio. Discutimos los resultados desde la perspectiva de validar la especificidad de los cebadores diseñados, teniendo en cuenta la correspondencia e identidad de las secuencias de los genes considerados. Los cebadores aquí reportados pueden contribuir a ampliar el conocimiento de la genética poblacional, biogeografía y filogenética de la raya de agua dulce P. magdalenae.
ISSN:0120-548X
1900-1649
DOI:10.15446/abc.v27n1.87401