人类与小鼠同源lncRNA基因及其表观遗传调控靶基因分析

• Published in: 南方医科大学学报 2018, Vol.38 (6), p.731-735
• Main Authors: 蒋洋洋, 朱浩, 张海
• Format: Article
• Language: Chinese
• ISSN: 1673-4254
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-4254.2018.06.14

目的 分析人类与小鼠lncRNA中的同源与种系特异性lncRNA,揭示人类与小鼠表观遗传调控的种系差异.方法 根据同源lncRNA序列搜索和人类/小鼠全基因组双序列比对确定GENCODE项目首期报道的13562个人类lncRNA和10481个小鼠lncRNA中的同源lncRNA基因,用lncRNA/DNA结合分析软件LongTarget预测lncRNA的DNA结合位点和表观遗传调控靶基因,根据Gene Ontology数据库分析靶基因的功能.结果 仅158对人类和小鼠lncRNA被识别为同源lncRNA,这些同源lncRNA在人类与小鼠基因组有种系特异性的DNA结合位点和靶基因,Gene Ontology分析提示这些同源lncRNA对靶基因的种系特异性调控可能对人类和小鼠的表型差异有重要影响.结论 仅极少数人类和小鼠lncRNA是同源的,这些同源lncRNA有种系特异性的表观遗传调控靶基因,lncRNA和表观遗传调控的种系特异性对人类和小鼠的差异(包括疾病模型的差异)有重要影响.