赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估

采用胰蛋白酶（Trypsin）单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶（Lys-C/trypsin）顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/trypsin顺序酶切不仅能显著提高肽段和蛋白质的鉴定数目,同时降低遗漏K酶切位点的数目及比例,而且得到的肽段长度有利于质谱鉴定,蛋白质覆盖率明显提升。通过对酶的用量进行优化对比,最终确定了Lys-C/trypsin顺序酶切时酶的合理用量。本研究结果对提高蛋白质组学样本的制备质量以及蛋白质的序列鉴定覆盖度具有指导意义。...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in:分析化学 2017, Vol.45 (3), p.316-321
Main Author: 李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉
Format: Article
Language:Chinese
Subjects:
液相色谱-串联质谱
胰蛋白酶
蛋白质组学
赖氨酸C端内切酶
遗漏酶切
顺序酶切
Online Access:Get full text
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
cited_by
cites
container_end_page 321
container_issue 3
container_start_page 316
container_title 分析化学
container_volume 45
creator 李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉
description 采用胰蛋白酶（Trypsin）单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶（Lys-C/trypsin）顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/trypsin顺序酶切不仅能显著提高肽段和蛋白质的鉴定数目,同时降低遗漏K酶切位点的数目及比例,而且得到的肽段长度有利于质谱鉴定,蛋白质覆盖率明显提升。通过对酶的用量进行优化对比,最终确定了Lys-C/trypsin顺序酶切时酶的合理用量。本研究结果对提高蛋白质组学样本的制备质量以及蛋白质的序列鉴定覆盖度具有指导意义。
doi_str_mv 10.11895/j.issn.0253-3820.160801
format article
fullrecord <record><control><sourceid>wanfang_jour_chong</sourceid><recordid>TN_cdi_wanfang_journals_fxhx201703003</recordid><sourceformat>XML</sourceformat><sourcesystem>PC</sourcesystem><cqvip_id>671557412</cqvip_id><wanfj_id>fxhx201703003</wanfj_id><sourcerecordid>fxhx201703003</sourcerecordid><originalsourceid>FETCH-LOGICAL-c573-a2b9fb325fa24f49307b92c54a1f2761b624d9a695c3cadb893be3f5e59e752a3</originalsourceid><addsrcrecordid>eNo9jU1LAkEYx-dQkJjfIYKOq_Oys7NzDOkNhC5eOsnMuqMrtZZLZOe0hA7dgspDQYRQoocysfo2jrt-iwaMTs__-T0__g8AawhmEXI5zdWyQRSFWYgpsYiLDXagC9ESSP2jFZCJokBCiBC0XeqmwEHycTsb9ubtcT5-HejLtu5czdujXHIxTB6u47sfs8yfJnpyY4K56W5vwZP3XvzV0v2X2ePnrPumOyP9fDUd9-P7VjJoTb-Hq2BZicPIz_zNNChubxXzu1Zhf2cvv1mwPMqIJbDkShJMlcC2sjmBTHLsUVsghZmDpIPtMhcOpx7xRFm6nEifKOpT7jOKBUmDjUXtmQiVCCulWv20EZqHJdWsNjFEDBIIifHWF55XrYeVk8CYx43gSDTOSw5DlDIbYfILM5l_ag</addsrcrecordid><sourcetype>Aggregation Database</sourcetype><iscdi>true</iscdi><recordtype>article</recordtype></control><display><type>article</type><title>赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估</title><source>Elsevier</source><creator>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</creator><creatorcontrib>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</creatorcontrib><description>采用胰蛋白酶（Trypsin）单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶（Lys-C/trypsin）顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/trypsin顺序酶切不仅能显著提高肽段和蛋白质的鉴定数目,同时降低遗漏K酶切位点的数目及比例,而且得到的肽段长度有利于质谱鉴定,蛋白质覆盖率明显提升。通过对酶的用量进行优化对比,最终确定了Lys-C/trypsin顺序酶切时酶的合理用量。本研究结果对提高蛋白质组学样本的制备质量以及蛋白质的序列鉴定覆盖度具有指导意义。</description><identifier>ISSN: 0253-3820</identifier><identifier>DOI: 10.11895/j.issn.0253-3820.160801</identifier><language>chi</language><publisher>中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203</publisher><subject>液相色谱-串联质谱 ; 胰蛋白酶 ; 蛋白质组学 ; 赖氨酸C端内切酶 ; 遗漏酶切 ; 顺序酶切</subject><ispartof>分析化学, 2017, Vol.45 (3), p.316-321</ispartof><rights>Copyright © Wanfang Data Co. Ltd. All Rights Reserved.</rights><lds50>peer_reviewed</lds50><woscitedreferencessubscribed>false</woscitedreferencessubscribed></display><links><openurl>$$Topenurl_article</openurl><openurlfulltext>$$Topenurlfull_article</openurlfulltext><thumbnail>$$Uhttp://image.cqvip.com/vip1000/qk/93919X/93919X.jpg</thumbnail><link.rule.ids>314,780,784,4022,27922,27923,27924</link.rule.ids></links><search><creatorcontrib>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</creatorcontrib><title>赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估</title><title>分析化学</title><addtitle>Chinese Journal of Analytical Chemistry</addtitle><description>采用胰蛋白酶（Trypsin）单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶（Lys-C/trypsin）顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/trypsin顺序酶切不仅能显著提高肽段和蛋白质的鉴定数目,同时降低遗漏K酶切位点的数目及比例,而且得到的肽段长度有利于质谱鉴定,蛋白质覆盖率明显提升。通过对酶的用量进行优化对比,最终确定了Lys-C/trypsin顺序酶切时酶的合理用量。本研究结果对提高蛋白质组学样本的制备质量以及蛋白质的序列鉴定覆盖度具有指导意义。</description><subject>液相色谱-串联质谱</subject><subject>胰蛋白酶</subject><subject>蛋白质组学</subject><subject>赖氨酸C端内切酶</subject><subject>遗漏酶切</subject><subject>顺序酶切</subject><issn>0253-3820</issn><fulltext>true</fulltext><rsrctype>article</rsrctype><creationdate>2017</creationdate><recordtype>article</recordtype><recordid>eNo9jU1LAkEYx-dQkJjfIYKOq_Oys7NzDOkNhC5eOsnMuqMrtZZLZOe0hA7dgspDQYRQoocysfo2jrt-iwaMTs__-T0__g8AawhmEXI5zdWyQRSFWYgpsYiLDXagC9ESSP2jFZCJokBCiBC0XeqmwEHycTsb9ubtcT5-HejLtu5czdujXHIxTB6u47sfs8yfJnpyY4K56W5vwZP3XvzV0v2X2ePnrPumOyP9fDUd9-P7VjJoTb-Hq2BZicPIz_zNNChubxXzu1Zhf2cvv1mwPMqIJbDkShJMlcC2sjmBTHLsUVsghZmDpIPtMhcOpx7xRFm6nEifKOpT7jOKBUmDjUXtmQiVCCulWv20EZqHJdWsNjFEDBIIifHWF55XrYeVk8CYx43gSDTOSw5DlDIbYfILM5l_ag</recordid><startdate>2017</startdate><enddate>2017</enddate><creator>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</creator><general>中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203</general><general>中国科学院大学,北京100049%北京华利世科技有限公司,北京,101312%中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海,201203</general><scope>2RA</scope><scope>92L</scope><scope>CQIGP</scope><scope>~WA</scope><scope>2B.</scope><scope>4A8</scope><scope>92I</scope><scope>93N</scope><scope>PSX</scope><scope>TCJ</scope></search><sort><creationdate>2017</creationdate><title>赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估</title><author>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</author></sort><facets><frbrtype>5</frbrtype><frbrgroupid>cdi_FETCH-LOGICAL-c573-a2b9fb325fa24f49307b92c54a1f2761b624d9a695c3cadb893be3f5e59e752a3</frbrgroupid><rsrctype>articles</rsrctype><prefilter>articles</prefilter><language>chi</language><creationdate>2017</creationdate><topic>液相色谱-串联质谱</topic><topic>胰蛋白酶</topic><topic>蛋白质组学</topic><topic>赖氨酸C端内切酶</topic><topic>遗漏酶切</topic><topic>顺序酶切</topic><toplevel>peer_reviewed</toplevel><toplevel>online_resources</toplevel><creatorcontrib>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</creatorcontrib><collection>维普_期刊</collection><collection>中文科技期刊数据库-CALIS站点</collection><collection>中文科技期刊数据库-7.0平台</collection><collection>中文科技期刊数据库- 镜像站点</collection><collection>Wanfang Data Journals - Hong Kong</collection><collection>WANFANG Data Centre</collection><collection>Wanfang Data Journals</collection><collection>万方数据期刊 - 香港版</collection><collection>China Online Journals (COJ)</collection><collection>China Online Journals (COJ)</collection><jtitle>分析化学</jtitle></facets><delivery><delcategory>Remote Search Resource</delcategory><fulltext>fulltext</fulltext></delivery><addata><au>李倩 冯钰 谭敏佳 翟琳辉</au><format>journal</format><genre>article</genre><ristype>JOUR</ristype><atitle>赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估</atitle><jtitle>分析化学</jtitle><addtitle>Chinese Journal of Analytical Chemistry</addtitle><date>2017</date><risdate>2017</risdate><volume>45</volume><issue>3</issue><spage>316</spage><epage>321</epage><pages>316-321</pages><issn>0253-3820</issn><abstract>采用胰蛋白酶（Trypsin）单独酶切与不同酶量的赖氨酸C端内切酶（Lys-C/trypsin）顺序酶切两种方法,对293T细胞全蛋白样本进行酶解消化,系统评估Lys-C/trypsin顺序酶切与Trypsin单一酶切在蛋白质组学样本制备中的差别。实验结果表明,Lys-C/trypsin顺序酶切不仅能显著提高肽段和蛋白质的鉴定数目,同时降低遗漏K酶切位点的数目及比例,而且得到的肽段长度有利于质谱鉴定,蛋白质覆盖率明显提升。通过对酶的用量进行优化对比,最终确定了Lys-C/trypsin顺序酶切时酶的合理用量。本研究结果对提高蛋白质组学样本的制备质量以及蛋白质的序列鉴定覆盖度具有指导意义。</abstract><pub>中国科学院上海药物研究所新药研究国家重点实验室,上海201203</pub><doi>10.11895/j.issn.0253-3820.160801</doi><tpages>6</tpages></addata></record>
fulltext fulltext
identifier ISSN: 0253-3820
ispartof 分析化学, 2017, Vol.45 (3), p.316-321
issn 0253-3820
language chi
recordid cdi_wanfang_journals_fxhx201703003
source Elsevier
subjects 液相色谱-串联质谱
胰蛋白酶
蛋白质组学
赖氨酸C端内切酶
遗漏酶切
顺序酶切
title 赖氨酸C端内切酶/胰蛋白酶顺序酶切在蛋白质组学样本制备中的评估
url http://sfxeu10.hosted.exlibrisgroup.com/loughborough?ctx_ver=Z39.88-2004&ctx_enc=info:ofi/enc:UTF-8&ctx_tim=2025-01-10T16%3A12%3A18IST&url_ver=Z39.88-2004&url_ctx_fmt=infofi/fmt:kev:mtx:ctx&rfr_id=info:sid/primo.exlibrisgroup.com:primo3-Article-wanfang_jour_chong&rft_val_fmt=info:ofi/fmt:kev:mtx:journal&rft.genre=article&rft.atitle=%E8%B5%96%E6%B0%A8%E9%85%B8C%E7%AB%AF%E5%86%85%E5%88%87%E9%85%B6/%E8%83%B0%E8%9B%8B%E7%99%BD%E9%85%B6%E9%A1%BA%E5%BA%8F%E9%85%B6%E5%88%87%E5%9C%A8%E8%9B%8B%E7%99%BD%E8%B4%A8%E7%BB%84%E5%AD%A6%E6%A0%B7%E6%9C%AC%E5%88%B6%E5%A4%87%E4%B8%AD%E7%9A%84%E8%AF%84%E4%BC%B0&rft.jtitle=%E5%88%86%E6%9E%90%E5%8C%96%E5%AD%A6&rft.au=%E6%9D%8E%E5%80%A9%20%E5%86%AF%E9%92%B0%20%E8%B0%AD%E6%95%8F%E4%BD%B3%20%E7%BF%9F%E7%90%B3%E8%BE%89&rft.date=2017&rft.volume=45&rft.issue=3&rft.spage=316&rft.epage=321&rft.pages=316-321&rft.issn=0253-3820&rft_id=info:doi/10.11895/j.issn.0253-3820.160801&rft_dat=%3Cwanfang_jour_chong%3Efxhx201703003%3C/wanfang_jour_chong%3E%3Cgrp_id%3Ecdi_FETCH-LOGICAL-c573-a2b9fb325fa24f49307b92c54a1f2761b624d9a695c3cadb893be3f5e59e752a3%3C/grp_id%3E%3Coa%3E%3C/oa%3E%3Curl%3E%3C/url%3E&rft_id=info:oai/&rft_id=info:pmid/&rft_cqvip_id=671557412&rft_wanfj_id=fxhx201703003&rfr_iscdi=true