籼稻(Oryza Sativa ssp. indica)全基因组框架序列

• Published in: 科学通报 2001, Vol.46 (23), p.1937-1941
• Main Authors: 于军, 胡松年, 王俊, 李松岗, 邓亚军, 戴理, 周雁, 张秀清, 曹孟良, 刘静, 孙健冬, 唐家斌, 陈艳炯, 黄小兵, 林伟, 叶辰, 童维, 丛丽娟, 耿佳宁, 韩玉军, 李琳, 李蔚, 李涛, 黄显刚, 李文杰, 李健, 刘占威, 李龙, 刘建平, 亓秋辉, 刘劲松, 李黎, 王学刚, 吕宏, 吴婷婷, 朱淼, 孙永巧, 王莹, 倪培相, 韩华, 董伟, 任晓宇, 冯小黎, 崔鹏, 李显然, 汪浩, 徐新, 翟文学, 徐昭, 张劲松, 何锶洁, 张建国, 徐吉臣, 张昆林, 郑先武, 董坚海, 曾万勇, 陶林, 陈学伟, 何峻, 刘道峰, 田薇, 田朝光, 包其郁, 夏红爱, 李刚, 范红媛, 李继红, 王辉, 张文辉, 高辉, 李平, 陈伟, 汪旭东, 张勇, 胡建飞, 王晶, 刘松, 杨坚, 张广宇, 段举, 熊煜青, 黄芳, 李志杰, 毛龙, 周承恕, 朱祯, 陈润生, 郝柏林, 郑伟谋, 陈受宜, 郭为, 李国杰, 刘斯奇, 黄谷扬, 陶明, 汪建, 朱立煌, 袁隆平, 杨焕明
• Format: Article
• Language: Chinese
• ISSN: 0023-074X
• DOI: 10.3321/j.issn:0023-074X.2001.23.001

S511; 水稻基因组序列中蕴藏着生理、遗传、发育、进化和与重要经济性状相关的许多生物学信息. 籼稻亚种Oryza Sativa ssp. indica在中国和亚洲其他地方广泛种植. 通过全基因组霰弹法, 得到了这一亚种的基因组框架序列. 共完成430万个成功反应, 总读长为2214.9 Mb, 其中籼稻亚种93-11的成功反应有330万个, 总读长1797.4 Mb, 初步拼接得到了409.76 Mb的非冗余序列, 大约覆盖了水稻全基因组的95.29%, 碱基准确率大于99%. 通过与公共数据库中籼稻indica和粳稻japonica亚种的BAC克隆比较, 证实了基因组框架图的覆盖率、序列分布的随机性和拼接软件BIG-ASSEMBLER的准确性. 在框架图中, 鉴定了96.3%的全长cDNA, 96.4%的遗传标记(STS, STR, RFLP), 94.0%的EST和94.9%的单基因簇(unigene). 初步分析表明, 该框架序列已经达到了国际同行所认同的标准. 框架图的公布无疑为水稻生物学研究提供了基因组学和遗传学方面的基本信息.