基于Illumina MiSeq的麋鹿粪样菌群多样性分析

为探究麋鹿（Elaphurus davidianus）肠道菌群的结构和组成，为麋鹿消化道疾病防治提供有价值的基础数据，应用Illumina MiSeq对4个麋鹿栖息地32只麋鹿粪便样本的16S rRNA的V3—V4可变区进行扩增，结合样本的OTU种类及丰度，用R软件进行聚类和主成分分析（PCA），并计算多样性指数。结果表明：共获得1 438 677条有效序列，平均每个样品有（44 959±12 153）条有效序列；将序列拼接优化，在97%相似度条件下获得31 459个物种分类的OTUs，平均每个样品为（983±240）个OTUs；平均读长为426 bp。对测序数据注释后共获得11个门和74个属...

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Published in:野生动物学报 2023, Vol.44, p.98-105
Main Authors: 李俊芳, 白冰, 孟庆辉, 程志斌, 单云芳, 刘田, 钟震宇
Format: Article
Language:Chinese
Subjects:
Illumina MiSeq测序
粪便
肠道菌群
麋鹿
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