Assessing the applicability of transcript conformation polymorphism [TCP] for differentiation among Prunus necrotic ringspot virus isolates

• Published in: Phytopathologia mediterranea 2002-08, Vol.41 (2), p.92-98
• Main Authors: Yurtmen, M. (Plant Protection Research Inst., Adana (Turkey)), Spiegel, S, Maslenin, L, Rosner, A. (Volcani Center, Bet Dagan (Israel). Dept. of Virology), Yilmaz, M.A. (Cukurova Univ., Adana (Turkey). Dept. of Plant Protection)
• Format: Article
• Language: English
• Subjects: ARN; GENETIC POLYMORPHISM; IDENTIFICACIÓN; IDENTIFICATION; IDENTIFICAZIONE; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PCR; PLANT VIRUSES; POLIMORFISMO GENETICO; POLIMORFISMO GENÉTICO; POLYMORPHISME GÉNÉTIQUE; PRUNUS; RESEARCH PAPERS; RFLP; RNA; SECUENCIA NUCLEOTÍDICA; SEQUENZA NUCLEOTIDICA; SÉQUENCE NUCLÉOTIDIQUE; VIRUS DE LAS PLANTAS; VIRUS DELLE PIANTE; VIRUS DES VÉGÉTAUX
• ISSN: 0031-9465; 1593-2095

The applicability of single and double-stranded transcript conformation polymorphism (TCP) for differentiation among Prunus necrotic ringspot virus (PNRSV) isolates was evaluated and compared with other molecular differentiation procedures. Single-stranded TCP was found to be suitable to differentiate closely related virus isolates. However, due to its high variability, it was not suitable for grouping virus isolates. Double-stranded TCP, on the other hand, enabled the division of virus isolates into major groups. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) of the PCR products confirmed the grouping of the virus isolates, but this technique was limited in its ability to detect a wide range of nucleotide modifications. Nucleotide sequence analysis was essential for the detection of strain-specific sequences, but did not clearly identify most other minor modifications that are necessary for virus classification. The combination of all methods is therefore sometimes required for complete analysis [E' stata valutata l'applicabilita' del polimorfismo della conformazione dei trascritti (TCP) a doppia elica per differenziare gli isolati del Virus delle macchie anulari necrotiche delle prunoidee (PNRSV); questa tecnica e' stata confrontata con altre procedure di differenziazione molecolari. Si e' accertato che il TCP a elica semplice e' adatto per differenziare isolati del virus strettamente affini. Tuttavia, per la sua elevata variabilita', non era in grado di effettuare il raggruppamento degli isolati del virus. D'altra parte, il TCP a doppia elica consentiva la divisione degli isolati del virus in gruppi principali. Il polimorfismo della lunghezza dei frammenti di restrizione (RFLP) dei prodotti della PCR ha confermato il raggruppamento degli isolati del virus, ma questa tecnica era limitata quanto alla possibilita' di individuazione di un intervallo ampio di modificazioni nucleotidiche. L'analisi della sequenza nucleotidica era essenziale per l'individuazione di sequenze specifiche di un singolo ceppo, ma non consentiva di identificare chiaramente la maggior parte delle altre modificazioni minori che sono necessarie per la classificazione del virus. Per un'analisi completa e' richiesta, quindi, talvolta, la combinazione di tutti i metodi]