Mitochondrial DNA variation and genetic relationships in Spanish donkey breeds (Equus asinus)

• Published in: Journal of animal breeding and genetics (1986) 2004-10, Vol.121 (5), p.319-330
• Main Authors: Aranguren-Mendez, J, Beja-Pereira, A, Avellanet, R, Dzama, K, Jordana, J
• Format: Article
• Language: English
• Subjects: animal genetics; asses; breeds; Equus asinus; genetic variation; haplotypes; microsatellite repeats; mitochondrial DNA; molecular sequence data; nucleotide sequences; phylogeny
• ISSN: 0931-2668; 1439-0388
• DOI: 10.1111/j.1439-0388.2004.00464.x

Summary In this study, the mitochondrial DNA diversity of six Spanish donkey breeds and two African donkey populations (one from Morocco and the other from Zimbabwe) was analysed. A total of 79 animals were sequenced for 313 bp of the cytochrome b gene, and 91 individuals for 383 bp of the D‐loop region or control‐region. Sequence comparisons and phylogenetic analyses of both Spanish and African populations revealed low diversity. Only six and seven haplotypes respectively were found in cytochrome b and the D‐loop region. Relatively low nucleotide diversity (π) values were detected in these populations. The π values, from the D‐loop region, ranged from 0.0006 to 0.0169 for the Catalana and Andaluza breeds, respectively. The obtained results seem to confirm the existence of two divergent maternal lineages of African origin (Equus asinus africanus and E. a. somaliensis). In this paper the genetic relationships between these breeds are analysed and compared with those obtained in other European populations. Also, the data on the genetic relationships between the populations, obtained from nuclear DNA (microsatellites) and mitochondrial DNA (cytochrome b and D‐loop region) is argued and interpreted. Zusammenfassung In dieser Studie wurde die Diversität mitochondrialer DNA von sechs spanischen Eselrassen und zwei afrikanischen Eselpopulationen (eine aus Marokko und die andere aus Zimbabwe) analysiert. Es wurden insgesamt 79 Tiere für 313 bp des Cytochrom b‐Gens sequenziert und 91 Individuen für 383 bp der D‐Loop Region oder der Kontrollregion. Sequenzvergleiche und phylogenetische Analysen zeigten geringe Diversität. In der Cytochrom b und der D‐Loop Region wurden nur sechs beziehungsweise sieben Haplotypen gefunden. Es wurden relativ geringe Nukleotiddiversitätswerte (π) entdeckt. Die π‐Werte lagen zwischen 0,0006 und 0,0169 für die katalanischen bzw. die andalusischen Rassen. Die Ergebnisse scheinen die Existenz von zwei verschiedenen maternalen Linien afrikanischen Ursprungs (Equus asinus africans und E. a. somaliensis) zu bestätigen. In dieser Veröffentlichung werden die genetischen Beziehungen zwischen diesen Rassen analysiert und mit denen verglichen, die für andere europäische Populationen erhalten wurden. Darüber hinaus werden die Daten der genetischen Beziehungen zwischen den Populationen, die durch nukleäre DNA (Mikrosatelliten) und mitchondriale DNA (Cytochrom b und D‐Loop Region) erhalten wurden, erörtert und interpretiert.