Use of microsatellites for genetic variation and inbreeding analysis in Sarda sheep flocks of central Italy

• Published in: Journal of animal breeding and genetics (1986) 2003-12, Vol.120 (6), p.425-432
• Main Authors: Pariset, L., Savarese, M. C., Cappuccio, I., Valentini, A.
• Format: Article
• Language: English
• ISSN: 0931-2668; 1439-0388
• DOI: 10.1046/j.0931-2668.2003.00411.x

Summary A set of 11 polymorphic microsatellites has been used to assess the distribution of genetic variability in 17 flocks of the Sarda sheep breed in the Viterbo province, located in central Italy. The suitability of samples size and number of loci analysed were tested using a bootstrap procedure. The data obtained were used to estimate the genetic diversity within and among flocks, and to test the presence of inbreeding within flocks. To study the genetic relationship among flocks, a principal component analysis based on Nei standard distances was performed. The results of genetic analysis show a significant excess of homozygotes in some of the flocks. The use of genetic data for maximum likelihood tests of assignment is investigated in order to establish suitable breeding policies. This research represents a case study for the development of mating strategies suitable for incrementing genetic variability within flocks that can be applied in other domestic species showing similar breeding problems (goat, buffalo and small populations of cattle). Zusammenfassung Elf polymorphe Mikrosatelliten wurden dazu genutzt, die Verteilung der genetischen Variabilität in 17 sardischen Schafherden der Provinz Viterbo, lokalisiert im Zentrum Italiens, zu untersuchen. Die Eignung der Anzahl der gesammelten Proben und der Anzahl der analysierten Loci wurden mit Hilfe der Bootstrapping‐Methode getestet. Die vorhandenen Daten wurden dazu genutzt, die genetische Diversität innerhalb und zwischen den Herden zu schätzen und das Vorkommen von Inzucht innerhalb der Herden zu testen. Um die genetische Verwandtschaft zwischen den Herden zu untersuchen, wurde die “principal component analysis”, basierend auf Nei's Standard Distanzmaß, durchgeführt. Die Ergebnisse der genetischen Analyse zeigen einen signifikanten Überschuss an Homozygoten innerhalb einiger Herden. Der Nutzen der genetischen Daten für die ,,Maximum Likelihood Tests“ wird untersucht, um eine geeignete Zuchtpolitik zu etablieren. Diese Untersuchung repräsentiert eine Fallstudie für die Entwicklung einer Anpaarungsstrategie, die geeignet ist, die genetische Variabilität innerhalb der Herden zu erhöhen. Diese Strategie kann auch bei anderen Haustierarten mit ähnlichen Zuchtproblemen angewandt werden (Ziegen, Büffel, kleine Rinderpopulationen).